依据重庆市机构编制委员会（渝编[2007]263号）文件，重庆市渔政渔港监督管理处（挂重庆市渔业船舶检验处、重庆市珍稀特有鱼类国家级自然保护区管理处牌子）的宗旨是：开展渔政渔港监督管理和自然保护区管理工作，促进渔业健康发展。
主要职责任务是：
1、渔业资源、水生野生动植物资源保护的管理，渔业环境保护；
2、渔事纠纷处理，渔业行政案件查处；
3、渔船、渔港监督管理，渔业海事处理，渔港行政处理处罚；
4、渔业船舶及其船用产品法定检验；渔民专业技能培训。
具体有以下三个方面：
渔政管理：负责渔业资源、渔业水域生态环境的管理；水生野生动植物资源经营利用管理；负责渔业水域、滩涂的利用管理；水产品批发市场、水产种苗、渔业机械、渔用网具、渔用药物、渔用饲料的监督管理；负责禁渔期和捕捞管理；负责渔业水域污染事故和重大渔政案件的调查处理；负责执法证件和服装的管理。
渔港管理：负责渔业船舶的注册登记；渔业船舶船员的培训、考试和管理；渔港的规划建设和管理；渔业船舶安全生产监督管理；渔业船舶水上安全事故的调查处理工作。
船检管理：负责下级渔业船舶检验机构的检验监督；内河渔业船舶、船用产品的监督检验和设计图纸审查；渔业船舶设计单位、修造企业、船用产品厂资质认可的现场考核和日常监督管理；验船师、验船员的培训及考试和管理工作。